Recientemente se han producido varias desapariciones misteriosas entre los Street Fighter y los X-Men del profesor Xabier, Guile, Vega, Blanka, Allen Sneider, Colossus, Bishop y Arcangel han desaparecido sin dejar ni rastro.

Hay diferentes rumores que apuntan a que los responsables de estos actos son los miembros de la organización mafiosa ShadowLaw, liderada por el general Bison.

Sin embargo, otras fuentes rebaten esa información y culpan de estos actos al grupo de Liberación Mutante de Magneto, señor del magnetismo, y a su particular cruzada por eliminar a todos los no-mutantes de la faz de la tierra.

Ante estos hechos, los X-Men y los Street Fighter aúnan sus fuerzas ante la amenaza común y deciden tomar cartas en el asunto, pronto descubrirán que el enemigo no es ni Magneto ni Bison…

Con este sugerente argumento Capcom nos introduce en uno de los Cross-Over más esperados de la escena Beat’em up, un juego donde deberemos formar un equipo de 2 luchadores entre los 16 disponibles (Akuma, Ryu, Ken, Chun-Li, Dhalsim, Bison, Zangief, Cammy, Lobezno, Cíclope, Tormenta, Gambito, Juggernaut y Magneto) para intentar detener al malo maloso de turno, el misterioso Apocalypse.